У ВІЛ-інфікованих хворих частіше розвивається хіміорезистентний туберкульоз, ніж хіміочутливий. Причини формування резистентності мікобактерії туберкульозу різноманітні, частіше за все це екзогенна реінфекція через виражений імунодефіцитний стан хворого. Також часто спостерігається формування вторинної резистентності шляхом внутрішньолікарняної трансімісії туберкульозної інфекції за рахунок розвитку синдрому мальабсорбції та інтрамакрофагальне паразитування мікобактерії туберкульозу, яке дає їй можливість розмножуватися та адаптуватися до протитуберкульозних препаратів шляхом зміни своїх властивостей.
Лабораторне підтвердження туберкульозу у хворих на ВІЛ частково утруднене через переважання дисемінованих форм та відсутності деструкцій. Найбільш інформативними методами є бактеріологічний та молекулярно-генетичний. При використанні молекулярно-генетичного методу діагностики туберкульозу ми маємо змогу отримати високоточний результат та дізнатися про резистентність до Рифампіцину в максимально короткі терміни, приблизно через 2 год. Вивчення стану хворих на хіміорезистентний туберкульоз на фоні ВІЛ, залежно від ступеня імуносупресії, є надзвичайно важливим при виборі адекватної антибактеріальної та патогенетичної терапії.